perburuan serangga pertengahan musim panas | Sang Ekonom

Drberputar Panjang umur, 21 Juni adalah titik balik matahari musim panas atau musim dingin. Bagi sebagian orang, ini adalah momen perayaan yang disertai dengan ritual aneh. Di antara yang bersuka ria adalah anggota Metagenomics and Metadesign of Subways and Urban Biomes Consortium (Meta).Sub). Jika di Bogotá, atau Doha, atau Kuala Lumpur, atau London, atau Minneapolis, atau kota lain di sekitar 60 kota di seluruh dunia, pada hari itu saya melihat seseorang tanpa terlihat menyapu loket tiket, pegangan tangan, pintu putar, atau kursi di stasiun kereta bawah tanah lokal, jangan takut. Itu hanya salah satu dari MetaSubRelawan masyarakat mengumpulkan sampel mikroba lokal.

matiSubTujuannya adalah untuk memahami kompleks tak terlihat dari bakteri, archaea, jamur dan virus yang merupakan perwakilan terkecil dari kehidupan. Setiap tahun, pada tanggal dua puluh satu Juni, dia mengoordinasikan pasukan pemburu hewan buruan kecil yang bertugas mengambil sampel transportasi umum di kota mereka. Penyeka kemudian diberi label dengan waktu pengumpulan, suhu lokal, kelembaban, dan sifat permukaan sampel dan dikirim untuk pengurutan genetik dan analisis statistik.

Hasil terbaru konsorsium, baru-baru ini diterbitkan di sel, berdasarkan 4.728 sampel yang dikumpulkan pada tahun 2015, 2016 dan 2017. Sampel ini menunjukkan bahwa setiap kota memiliki ekosistem mikroba yang cukup berbeda (lihat grafik) untuk bertindak sebagai sidik jari. Algoritma yang dilatih pada data dapat menentukan asal sampel yang dipilih secara acak 88% dari waktu. Ada beberapa spesies di mana-mana. Tiga puluh satu (semua bakteri) ditemukan di hampir setiap swab, dan 1145 (juga Bar-Yeast dan Bakteri) ditemukan di lebih dari 70% sampel. Namun, sebagian besar dari 4.246 spesies yang dapat diidentifikasi tersebar jauh lebih sempit.

Di atas benda-benda yang dapat diidentifikasi ini adalah yang tidak diketahui. Hampir setengah dari makhluk yang diurutkan tidak memiliki padanan di bank data genetik publik dunia, kata Daniela Bezdan, mantan CEO Meta.Sub yang merupakan salah satu pemimpin penelitian. Diperkirakan lebih dari 1.000 bakteri dikumpulkan, dan 10.000 virus, tetap tidak teridentifikasi.

Aku akan bertemu cahaya bulan…

Organisme tak dikenal umum terjadi dalam ekspedisi penangkapan ikan mikrobiologis tersebut, karena pemahaman yang tepat tentang keanekaragaman hayati mikroba tetap sulit dipahami. Tapi, sama menariknya dengan mereka, tetangga yang bersembunyi ini sepertinya tidak berbahaya. “Kami tahu tidak ada patogen karena orang tidak sakit parah,” kata David Danko, salah satu penulis makalah tersebut.

Identitas anggota mikrobioma gelap ini hanyalah salah satu misteri yang masih harus dipecahkan. Hal terakhir yang mengatur ekologi mikroba kota. Hebatnya, pola yang diamati mencerminkan lingkungan yang lebih umum untuk tumbuhan dan hewan di kota-kota tropis yang memiliki ekosistem yang lebih kaya daripada di dekat kutub (keragaman mikroba berkurang rata-rata tujuh spesies untuk setiap derajat garis lintang). Tidak ada yang tahu pasti mengapa pola ini dikaitkan dengan makhluk makroskopik. Ini mungkin juga benar karena mikroba dapat menambah wawasan.

Di atas garis lintang yang berbeda, tiga pola lain muncul. Kota-kota pesisir memiliki karakteristik yang tidak dimiliki oleh kota-kota pedalaman. Begitu juga mereka yang berada di ketinggian yang lebih tinggi, dibandingkan dengan mereka yang berada di ketinggian yang lebih rendah. Demikian pula halnya dengan kota-kota dengan kepadatan penduduk yang tinggi.

Untuk saat ini, matiSub Itu masih di situs ahli botani dan zoologi awal, mengumpulkan informasi tentang apa yang ada di luar sana. Ketika pola yang mendasarinya menjadi jelas, survei semacam itu dapat memiliki manfaat praktis. Mereka harus, misalnya, memungkinkan lembaga kesehatan masyarakat untuk memantau dan memetakan penyebaran penyakit, dan untuk mengidentifikasi spesies baru yang berbahaya. Mereka juga dapat memungkinkan pemantauan gen yang membawa bakteri yang memberikan resistensi antibiotik. matiSub Dia menemukan bahwa gen seperti itu tersebar luas, tetapi tidak terdistribusi secara merata. Itu kurang umum di Oseania dan Timur Tengah. Mengapa, sejauh ini tidak mungkin untuk mengatakan.

Makalah saat ini hanya melihat DNA Dari sampel, tapi matiSub Pemindaian dimulai sekarang RNA Demikian juga. Ini sangat relevan untuk virus, banyak di antaranya, seperti virus corona yang saat ini melanda dunia, menyimpan gen mereka sebagai RNA, Tidak DNA. Saat tim bersiap untuk hari pengumpulan berikutnya, ia berharap data yang dikumpulkannya akan memberikan gambaran yang lebih akurat tentang peran virus di kota, dan memberikan wawasan tentang penyebaran virus corona. ■

Artikel ini muncul di bagian Sains dan Teknologi edisi cetak dengan tajuk “Perburuan Bug Pertengahan Musim Panas”